Η ίδρυση και λειτουργία του Εκκλησιαστικού σχολείου στη Φλώρινα προέκυψε κυρίως, από την έλλειψη μορφωμένων ιερέων οι οποίοι θα μπορούσαν να τελούν τις ιερές ακολουθίες και τα ιερά μυστήρια και να κηρύττουν σωστά τα ιερά Ευαγγέλια. Το 1978, ο τότε Μητροπολίτης Φλωρίνης, μακαριστός Αυγουστίνος, με επίμονες και αλλεπάλληλες ενέργειές του προς την Πολιτεία, επέτυχε να ιδρυθεί αρχικώς το Μέσο Εκκλησιαστικό Φροντιστήριο (ΠΔ 681/11-09-1978, ΦΕΚ 153 τ. Α΄ 21-09-1978). Με πλήθος επιστολών του προς το Υπουργείο Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων ο Μητροπολίτης ζητούσε τη μετονομασία του Μέσου Εκκλησιαστικού Φροντιστηρίου σε Εκκλησιαστικό Γυμνάσιο, διότι είχαν εκπαιδευθεί όλοι σχεδόν οι Ιερείς της Ιεράς Μητροπόλεως και το ζητούμενο πλέον, μέσω της μετονομασίας του Μέσου Εκκλησιαστικού Φροντιστηρίου σε Εκκλησιαστικό Γυμνάσιο, η ευχέρεια προσέλκυσης και εγγραφής και μαθητών μικρότερης ηλικίας. Τελικά, με ΠΔ του 1991 το Υπουργείο προέβη στη μετονομασία. Ως προς το Λύκειο, η υπόσχεση που είχε λάβει ο Μητροπολίτης Αυγουστίνος από την Πολιτεία για την ίδρυσή του πραγματοποιήθηκε με το ΠΔ 835/01-09-1980, ΦΕΚ 207/09-09-1980 τεύχ. 1 σσ. 2516, 2517, με το οποίο ιδρύθηκε τετρατάξιο Εκκλησιαστικό Λύκειο με έδρα τη Φλώρινα.
Όσον αφορά τη Σχολική Εφορεία του Μέσου Εκκλησιαστικού Φροντιστηρίου και Εκκλησιαστικού Λυκείου, μέσα από τα πρακτικά της διαπιστώνουμε ότι απαρτίζονταν από πρόσωπα με κύρος, τα οποία επιθυμούσαν να προσφέρουν ανιδιοτελώς στην Εκκλησιαστική εκπαίδευση και κατ’ επέκταση στην Εκκλησία. Οι ευθύνες, οι αρμοδιότητες αλλά και οι δυσκολίες ήταν πολλές. Οι προσπάθειες των μελών της για την εύρυθμη λειτουργία των Σχολείων, με πρωτεργάτη τον Μητροπολίτη Αυγουστίνο, ήταν άοκνες και αξιέπαινες. Διαχειρίστηκε εξ αρχής με διαφάνεια και σύνεση το δημόσιο χρήμα έχοντας πάντοτε πλεόνασμα στους απολογισμούς της χωρίς να λείψει τίποτα στους μαθητές και στα Σχολεία.
Εν κατακλείδι, η τεσσαρακονταετής και πλέον λειτουργία του Σχολείου μας (1978-2022) έχει αποδώσει αγαθούς όσο και μετρήσιμους καρπούς. Αποφοίτησαν από αυτή πρόσωπα διακεκριμένα στην κοινωνία: κληρικοί και των τριών βαθμών, εκπαιδευτικοί, καθηγητές Πανεπιστημίου, δικαστικοί, αξιόλογοι επαγγελματίες- λειτουργοί σε πολλούς τομείς του Δημοσίου και του ιδιωτικού τομέα. Για περισσότερα από 20 χρόνια το Σχολείο διοίκησε, ως Υποδιευθυντής με Σχολάρχη τον γέροντα Αυγουστίνο, ο νυν Μητροπολίτης Φλωρίνης κ.κ. Θεόκλητος, ο οποίος συνεχίζει πάντοτε να βρίσκεται στο πλευρό των εκπαιδευτικών και των μαθητών του Σχολείου και να μεριμνά για ο,τιδήποτε χρειάζεται.